W przypadku stwierdzenia, że usunięcie drzewa lub krzewu spowoduje naruszenie zakazów w stosunku do gatunków chronionych flory i fauny, postępowanie w sprawie wycinki zawiesza się do czasu przedłożenia zezwolenia na dokonanie czynności podlegających zakazom w stosunku do tych gatunków. Rozstrzygnięcie w przedmiocie odstępstwa od zakazów obowiązujących w stosunku do gatunków chronionych flory i fauny nie mieści się jednak w granicach kompetencji przysługujących organom rozpoznającym sprawę w przedmiocie zezwolenia na usunięcie drzew i krzewów.